現在挑選適合植入胚胎的方法主要有三種：
1.胚胎外觀：將胚胎培養到第五天後觀察並分級內細胞團(Inner cell mass,ICM)及滋養層細胞(Trophectoderm cell,TE)，選擇外觀等級較好的胚胎植入。
2.胚胎發育動力學：利用胚胎發育影像即時監控系統(Time-lapse system)，在不打擾胚胎發育的情況下，觀察胚胎發育過程中的各種參數，以此挑選適合植入的胚胎。
3. 胚胎著床前染色體篩檢(PGS)：將胚胎培養到囊胚後切片取滋養層3~5顆細胞，將切片後的細胞以分生方法處理後，最終定序比對23對染色體，判斷胚胎染色體是否有異常的增減。
雖然PGS可挑出染色體套數正常的胚胎，但並非植入PGS篩檢後的胚胎即可順利著床懷孕，可能的原因之一為「PGS檢驗的染色體標的為DNA，並未深入探討DNA所轉錄出來的RNA是否正常。而RNA為真正功能性蛋白質的前驅物，較能代表蛋白質的表現。」
隨著RNA定序技術的進步，現今已可做到定序單一顆細胞內的RNA序列，因此應用RNA表現來挑選植入胚胎的研究也逐漸增加。哈佛大學研究團隊在今年九月發表了一篇論文，試圖以RNA定序的技術判斷胚胎染色體是否異常，並且與現行PGS方法比較。結果顯示：原先以PGS所找出的染色體異常胚胎(E5,E16,E29,E35,E39)以RNA定序(紅點、藍點)的方法皆可得相同結果。不過此實驗是以整顆胚胎當作實驗組進行RNA定序，單一切片的臨床應用性尚未驗證。
如同早期的第三天胚胎植入到現在第五天囊胚植入；
觀察DNA下游的RNA轉錄表現肯定對於胚胎的挑選有幫助，因此RNA定序為未來重要的研究方向之一。
